直到同治十年（1871）三月十八日，曾国藩在日记中透露，冯卓怀于当天来到了南京，次日入住两江督署。他说这是30年前的老友，祁门一别已经10年不见，但还未见老态。而在家信中，他坦陈最近开始反思自己往年开罪别人之处，除了在祁门与冯卓怀有过“口角失欢”，至今心中有愧外，其次就是与李元度的矛盾。因此，冯卓怀的到来，使曾国藩的精神负担在一定程度上得到了解脱。
冯卓怀此行是为好友吴廷栋回霍山县老家终老事宜而来，并顺带为他及涂宗瀛到安徽六安地区寻觅百年之地。吴廷栋与曾国藩既同为理学大师唐鉴的门生，又是知心好友。道光二十年（1840）六月，30岁的曾国藩病重，经精通医理的吴廷栋为之诊治3个月而愈。同治五年（1866）春，74岁的吴廷栋因病致仕，曾国藩邀其寄寓南京长达5年，对他的生活起居悉心照顾，坚持每月一晤，倾谈竟日，两人的友情维持了30余年。
南京之行，冯卓怀带来了画师为曾国藩作肖像，但不甚理想，就于二十六日约来幕僚吴嘉善，用湿版摄影法为曾国藩照相。江西南丰人吴嘉善，是咸丰十一年（1861）进士，他不仅是知名的算学家，还是最早学习西方摄影术的中国人之一，曾国藩现存唯一的照片，可能就是这次照相所留。
冯卓怀回湘后，曾国藩于七月初二写了一封情真意切的信，首先就为当年在祁门“侵侮良朋、轻离贤俊”之举表达了自己真诚的歉意，这次南京重逢之后，他已经“稍释积年之愧”。此外，他对冯卓怀将去湘乡为其寻找百年吉壤表示了谢意。自从咸丰八年（1858）六月重新出山之后，曾国藩已经有13年没有回过老家。在四月初一的家信中，曾国藩已经提及自己虽然疝气已愈，眩晕未发，但是“目光昏蒙日甚，作字为难之至”。说明他也明白老境已至，已经认真地和老友商谈了身后的归宿问题，他不会不遵循落叶归根的传统。由此可见，冯卓怀的南京之行是一次和解之旅，交心之旅，时间终归把两人的矛盾消磨殆尽。
据郭嵩焘的日记透露，冯卓怀于八月两次去湘乡，踏遍山水，一共遴选出12处地方，以东台山之穴位为首选，并逐一绘图说明。随后又叫上郭嵩焘一起到东台山实地论证。东台山海拔323米，古有“东台起凤”之景，列“湘乡八景”之首。
他们随即将联合勘查结果函告曾国藩。曾国藩就此复信冯卓怀，认为东台山之选事关本县文运，不能因一己之私引起士民反感，决定放弃，拟在另外11处备选清单中再作选择。不过，3个多月后的同治十一年（1872）三月十二日，曾国藩在南京辞世，那11处地点因各种原因均未能选中，因此最终落葬于长沙平塘镇的伏龙山之阳。
时光荏苒，惹人遐思。曾国藩去世10年后，即光绪八年（1882），年届七旬的冯卓怀自感将不久于人世，遂写下一篇自传编入冯氏族谱，文中包含一些早年与曾国藩交往的细节。与曾国藩不同，冯卓怀原是苦出身，9岁丧父，备尝人生艰难。自幸运中举后，他一共参加了8次会试，但均与进士无缘。在京城长期滞留期间，除了与曾国藩、郭嵩焘朝夕相处，还结识了着名的理学大师唐鉴和倭仁，理学名士何桂珍、吴廷栋等。他自认为立身祈向、诗文字法方面得益于曾国藩的影响；刻己励行，则得益于唐鉴、倭仁及吴廷栋诸先生的启迪；朋友中则以陈源兖、江忠源、郭嵩焘、郭崑焘尤为深交。而他又深感自己生性顽钝，人生毫无成就，以一介布衣终老，因此“清夜追思，愧负良友”。字里行间他对故旧只有感恩，没有抱怨，但也无可避免地流露出些许自卑心理。这是因为当年的师友中，唐鉴、倭仁、吴廷栋、曾国藩和何桂珍等都名重一时，倭仁、吴廷栋与李棠阶还有晚清“海内三贤”之誉，他们既在政坛上有重要影响，还在学术上有诸多建树。他之所以去南京协商送吴廷栋回老家，也是出于感念当年一份旧情。而相较之下，他自己显得“碌碌无为”，没有把一个解元的应有价值充分发挥出来，宦业、理学等方面更是有着巨大的差距。深究起来，咸丰十年那场与曾国藩并不算严重的争执可能极大改变了冯卓怀的人生轨迹。
当然，诸友并没有对冯卓怀另眼相看。郭嵩焘在长沙与他过从甚密，郭崑焘、曹光汉两位曾国藩的心腹与他结为儿女亲家。他也不至于真是一事无成，除了4年仕宦生涯以清廉、公正赢得声名，他还主修了《万县志》，编撰了故友江忠源的遗集。在籍以课徒为业，毕竟他有作为解元的优势。然后以其声望主持族务，修谱建祠均比较积极，不吝资助经费。此外就是于岐黄、堪舆之术有较高造诣，故曾国藩、涂宗瀛、郭嵩焘等人均将觅地之事与之相托。
冯卓怀的家传，则是由忘年之交王闿运所撰。他对冯卓怀的仕宦经历不惜笔墨地加以赞誉，对在祁门发生的事则施以春秋笔法来回避。
能说真话的唯有欧阳兆熊，作为长期在曾国藩身边的密友，他不仅道出了两人当年冲突之事，还对冯卓怀做了概括性评价：“为人古执，不通世情，好面折人过。”意思是，他就是情商偏低的一个人，早年的经历使得他的自尊心过于强烈。
由于有冯卓怀的前车之鉴，欧阳兆熊跟曾国藩约定只闲住营中，不受差遣。曾国藩先后给他安排了四项事务，果然都没有接受，这样一来也就避免了冲突或者分歧发生，从而保全了两人的友谊。欧阳兆熊把冯卓怀其人其事写入了自己的《水窗春呓》一书，冯氏的逸闻也因之被多本晚清笔记小说所援引，名曰“有节之士”。
